Buenas.
Brevemente…
1 - No uses barajas distintas 
así de simple.
- Mira que yo tengo barajas y barajas, pero para hacer magia combinando barajas normales con barajas especiales, Bicycle, o roja o azul, y ya. Es lo más cómodo y te ahorras esos dilemas.
2 - ¿Te gusta lo complicado??,se me ocurre que (por poner un ejemplo) cuando cambies de baraja, simplemente en vez de guardar la Ambigram (o la que sea), se la das a alguien para que la baraje y la mezcle bien…, mientras tanto tu quitas la otra (le sigues insistiendo que baraje bien la baraja), haces el truco con la baraja especial a otros familiares o amigos (le sigues insistiendo al que tiene la Ambigram que la mezcle bien que lo estás vigilando), terminas el truco con la especial y la guardas.
Recuperas tu baraja (bien requetebarajada) para continuar con ella con otro truco o simplemente guardarla y ya, no hay que explicar nada (este es un rollo muy Juan Tamariz o DaOrtiz, marear y confundir sin decir el porqué 
).
Hay muchas formas pero yo soy de la opción 1 porque uso cargadores y al ser mazos del mismo color, me permite cambiar muy fácilmente en cualquier momento, incluso en mitad de un truco.
Un saludo!!!